La première et la plus importante fonction de la pensée du complexe, est le choix, (la décision) de considérer un système, un phénomène, un processus, en tant que système complexe. Autrement dit, il s'agit d'envisager et de comprendre l'organisation globale des interactions entre les éléments qui le constituent, et si possible sa dynamique, ses transformations, son évolution (et non d'en analyser simplement les composantes, comme le fait la pensée cartésienne/simplifiante, ni de le voir uniquement dans sa globalité comme le fait la systémique). Ce choix n'est pas facile à faire, parce qu'il heurte souvent nos habitudes de pensée les plus ancrées (voir Pensée cartésienne, simplifiante, dominante). Mais surtout parce qu'il est bien souvent impossible de déterminer l'ensemble des éléments à relier non seulement parce que l'on peut toujours en oublier, mais, plus fondamentalement, parce qu'il y a plus d'un système auquel le phénomène considéré puisse être rattaché. Ceci implique un deuxième choix, celui des critères à utiliser, du point de vue à privilégier. Tout choix suit un point de vue qui est obligatoirement partiel et partial, mais qui permet de révéler un aspect de la réalité. Autrement dit, il est indispensable d'accepter l'incomplétude de la démarche, incomplétude qui la rapproche d'une démarche scientifique et qui, souvent, appelle aussi une pluralité de points de vue.